21世(🍅)纪初，人类(⛲)将(jiāng )多数人留在(zài )被(bèi )哥斯拉(🌰)蹂(róu )躏的地球(qiú )上，仅使被选中的人(🎗)们乘上恒星间移民(🔬)船·阿拉(lā )特拉(😧)姆，前(🌫)往能够(🎲)移居的(de )“约(♑)定之地·τ星e”。但(dàn )这一(yī )计划失(shī )败，人(rén )类只得再度返回地球。而长距(jù )离(🎫)亚空间航行所引发的时空歪(🥀)曲，导致人类回(huí )(💞)到的(🚢)地方(fāng )变成了“两万年后(hòu )的地(😞)球(qiú )(🖲)”。在(💱)这个地球，主人公(gōng )(💻)·晴男(nán )等人在(🐑)遭受哥(gē )斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比(🥫)尔沙尔德两种族(zú )(🕙)的异星(💠)人共(gòng )同(tóng )实行谋划了20年(nián )的“对(duì )(🕯)哥(gē )斯拉战术”，通(tōng )过(guò )殊死战(zhàn )斗(dòu )成(🛎)功击(jī )倒了哥斯拉(lā )。　　但(dàn )喜(🐨)悦并未持续(🌪)多久，深藏地下的(de )(😝)真(zhēn )正(zhèng )哥(gē )斯拉“哥斯拉·(🔍)地球”现身(🔤)了。两(liǎng )万年(🔷)间(👵)持续(💸)成长生存(🏃)、身高(gāo )300米(mǐ )、(🌱)质(👄)量超(🆙)过10万吨，在进(jìn )化成(🚽)这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破(⏺)坏力面前，晴男(✖)等(děng )人(rén )落花流水。　　拯救了(🈺)晴男的是被视为人(rén )类的(de )残(cán )存者“弗(fú )图亚”之民，米(mǐ )(🏡)亚娜。弗图亚是他们(🎞)在(🚓)这个(🐇)地球首次(🏗)遇到(🗒)的人(🐣)型生命种(⛎)族。他(🐸)们会(🕌)是人类的子(zǐ )孙(sūn )吗(🔝)——。“弗(♈)图亚(🍗)的神也被哥(😂)斯拉(👡)击破，如今只剩(shèng )下卵(🌽)。挑(🏒)战者、抗争者，全部被(bèi )火焰(🚔)吞噬而消失了(le )”面(🏓)对这样的(de )(🃏)他们，晴(😛)男回应道“这是以人(rén )类的双手(🎛)夺(duó )回地(dì )球的最后机(jī )会(😫)了”。　　另(lìng )一(😫)方面，比尔沙尔(🙂)德的指挥官(🥘)·加尔格，注意到弗图(🥡)亚使用的箭头是由“自(🏈)律思考金属体·(👐)纳米(☔)金属(🐣)”所制造而欢喜。这和21世纪他们在(👂)富士山(shān )麓作为(wéi )“对(duì )哥(gē )斯(sī )拉(🈲)决(jué )战兵器”所开发、(🌔)在启动前遭到破坏(huài )的“机械(xiè )哥斯拉”由同(tóng )(😇)种物质所(suǒ )构成。这正(♉)是当(dāng )时的开发设(shè )备至今(jīn )仍然残存(🛰)的证明(🗺)——。