继续延续上一季的剧(jù )情，原来(🍩)穆德(dé )受了骗，及时(🛍)发觉错误(wù )后(🍥)和史考莉串通(tōng )(🥈)好(hǎo )(🐉)来(🛤)骗(🌰)政府高(🏴)层(céng )(🗼)，以潜入一个(gè )“作为一个普(pǔ )通(🌗)FBI特别探员不该进(jìn )入的地方(fāng )”搜(sōu )集需要的(🙍)资料。本季发展越来越精(🛺)彩，一些没有被(🍮)完(wán )全改造的混血外星(🕕)人联(lián )合起(qǐ )来抵抗(kàng )殖民(mín )阴谋。史考莉被绑架(jià )(🛑)时子(zǐ )宫被移除，但今年却出现了她的孩子(🔝)——艾(🏂)蜜莉。今年制作小组甚(shèn )至(zhì )找了两位知名科幻(huàn )小说家(jiā )操笔(🕙)，客(kè )串写出(⛳)两集剧(🎋)本。另(lìng )外今年也有一(🕯)集喜(👣)剧。整出X档案为了配(🍑)合电(🛎)影的上映，加(jiā )入了一些角色及(jí )(👪)内容(🤷)，“辛(💅)迪加”组(zǔ )织的阴(😝)谋越来越明显，穆德(📧)再(zài )(🔍)一次接近(📛)事实的(de )(💏)真相(xiàng )。穆德前女友(yǒu )(🐞)的出现也对穆(📐)德与史考莉(lì )(👄)间的(🆙)关系做出(chū )重(🚡)大考验(⏳)。该季(jì )结(jié )束于(👛)吸烟人烧(shāo )毁(huǐ )了(le )所有X档案卷宗。