自(zì )西元20XX年(⛲)，人类(lèi )从肯亚图(tú )尔卡纳湖(🃏)的湖畔挖(🕸)出了(le )一(🕰)个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始(shǐ )(📿)对它(tā )进(jìn )行研究，后(🏇)来有人(rén )重建(jiàn )出来(🐿)所(🕔)谓(wèi )(🔸)的“神(shén )之(zhī )语(yǔ )言”，并建立电脑程(chéng )(🥄)式(🛹)以启动原始索(🛺)哈尔(ěr )，进行和(😚)上位领域的U-DO(上(shàng )位领域(yù )当中的红色波动存在)连结的连(🛑)结实(😞)验，但很不幸(xìng )地，从上位(wèi )领域流(🙂)入下位领(lǐng )(🐑)域的能量造(zào )成了事象变移，使(shǐ )地球(游戏(🥫)中所谓(🧤)的“失落耶(⛳)路撒冷”)几乎完从从宇宙(🚴)中(zhōng )“消失(shī )(🕯)”，人类因而(ér )被迫逃(💔)亡，离开地球。　　到(dào )了(le )四(sì )千年多(🌹)后，在故事开始前十五(wǔ )的T.C.4753年，米尔奇(qí )(📧)亚行星(Miltia)爆(bào )发(♌)了(💸)所谓的米尔奇(qí )亚冲(📐)突(tū )事件，在(👄)此次事件当中，米(🌸)尔奇亚行星(🎐)的人类疑似遭到了格(gé )诺西斯(Gnosis)的攻击(jī )(🕺)，并(🎴)在冲(🚤)突(🚩)事件后消失，但事件的真相却(què )因(🍯)为米尔奇亚的(🐌)消(🐱)失而不(👼)为人知。在事件后(🙅)，启(qǐ )动(🍾)原始索哈尔（后(👆)来(🔍)人类(🍉)制造出了十二具索哈尔模拟体，因(😼)此(🔮)原有的索哈尔(ěr )就(jiù )被称(⏭)之为(wéi )原始索(🖥)哈(hā )(😂)尔）所需的(de )神(⛱)之语言、原始(shǐ )索哈尔的研究成果、米(🌸)尔(ěr )奇亚(yà )的(de )U.M.N.座标等事(shì )(🔡)物，都被(bèi )封(fēng )存在Y资(zī )料(➿)当中，而Y资料又被(bèi )封(fēng )存在百式观测(cè )用合(hé )(🕠)成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识(🚖)内，然而这么做却引起了各(gè )(🔦)方势力(🐊)对(duì )M.O.M.O.的(de )争(☔)夺(duó )，因(🚹)此星团联邦政(zhèng )(🤯)府(游戏(xì )(🙎)中统(😋)治(zhì )(🎁)各(gè )行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名(🔷)叫Ziggurat 8的(de )(🌵)生化人(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安(😀)全。　　另一方(🐩)面，在米(🕎)尔奇(🔷)亚(yà )冲(chōng )突(tū )事件(🥩)结束后的(de )十几年，也(🏄)就(jiù )是(🚇)大约(yuē )在游(yóu )戏EPI开始(💽)的时候(🍶)，当时(shí )(🈶)最大的企(🚔)业贝克达公司以(👻)对抗(kàng )格诺西(🧢)斯(🈴)侵(🥑)扰的(de )名义，进行对格诺西斯(sī )用战(zhàn )斗(dòu )兵器KOS-MOS的开发(fā )计划，但和当时(shí )(🕰)多使用合(hé )成人(rén )(Relian)与生化人(Cyborg)的(de )情况所不同的是，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机械制(🔰)品(pǐn )。另一(yī )方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达(dá )公司(🔛)第一开发局(jú )研(yán )究(🕙)人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正(zhèng )(🚲)式(shì )启动的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )空(🧛)船(👯)进行(háng )旅(lǚ )(👥)途。但没(✒)想到其太(tài )空(📛)船却被冲著索哈尔而来的(😢)格诺西斯所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突然启动(dòng )，卯月紫(😐)苑因而被卷入(rù )一连串和(🔙)格诺西斯(sī )及(📈)索哈尔(🔐)有关的阴谋，以及会改变(biàn )人类命运的事件(🔣)当中……