自西元20XX年，人(rén )类从肯亚图尔卡(kǎ )纳湖的(🕋)湖畔挖出了(le )一(🕰)个名叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之后，便开始对(🌫)它进(jìn )行(🎲)研究，后来有人重(chóng )建出来(🐿)所谓(🔸)的(👑)“神(shén )(🤷)之(zhī )语(yǔ )(🛍)言”，并建(jiàn )(🙍)立(💆)电(✳)脑程式以(yǐ )启动原始索哈尔，进行(🗑)和(hé )上(🍮)位领域的U-DO(上(shàng )(🤯)位领(lǐng )域当中的红色波动(dòng )存在)连结的连结实验(yàn )，但很不幸地(dì )，从(cóng )上位(🥔)领域流入下位领(lǐng )域(yù )(🏂)的能量(liàng )造成了事(👓)象变移，使地球(游戏中所谓(🧤)的“失落耶路(😍)撒(sā )冷”)几乎完(wán )从从宇(yǔ )宙中“消(xiāo )失”，人类(🤘)因而(❕)被(bèi )迫逃亡，离开地(🛎)球。　　到了四千(qiān )(🏻)年多后，在故事开始前(💅)十五(🚶)的T.C.4753年，米(mǐ )尔奇(📧)亚行星(xīng )(Miltia)爆(👵)发了所(🥅)谓(wèi )的米(🏃)尔(ěr )奇(qí )亚冲突事件，在此次事件当(dāng )中，米尔奇亚(yà )行星(xīng )的人类疑似遭(👗)到了格诺西斯(Gnosis)的(de )攻击(jī )，并在冲突事件后(hòu )消失，但事件的真相(xiàng )却(què )因为米尔(ěr )奇(🈂)亚的消失(shī )(🖱)而不(👼)为人知(⛅)。在事(shì )(💨)件(🈸)后，启动(🍾)原始索哈(hā )尔（后来人(🏗)类制造出了十二(èr )(🎆)具索哈(hā )尔(🐸)模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔(ěr )）所需的神之(zhī )语(🖥)言(yán )、原(yuán )始索(🏒)哈尔(🎆)的研究(🔂)成(chéng )果(🍂)、米尔奇亚的(de )(🧔)U.M.N.座(🏓)标(⏩)等事(🔡)物，都(📛)被封(fēng )存在(zài )Y资(🍏)料当中，而Y资料又被(🍆)封(fēng )存在百式(shì )观(guān )测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内，然而这(🈲)么做却(🎆)引起了各方(fāng )势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联(lián )邦政府(游(⏫)戏(xì )中统治各行星的政(zhèng )府，英文名(💻)Galaxy Federation)雇了一个名(🔷)叫Ziggurat 8的(de )(🌵)生化人(😀)(Cyborg)，以(yǐ )保(bǎo )护M.O.M.O.的安全(🔝)。　　另一(yī )方面，在米(mǐ )尔(👑)奇亚冲突事件(🥩)结束后(hòu )的(😄)十几年，也(🏄)就(👚)是大约在游戏(xì )EPI开始的(🚱)时(shí )候，当时(🈶)最大的企业贝克达公司以对抗格诺西(xī )斯侵扰的名义，进行(háng )对格诺西斯用(😞)战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发(🥗)计划(🔨)，但和(hé )当(🎴)时多(duō )使(🏟)用合成(chéng )人(Relian)与生(shēng )化(😾)人(Cyborg)的(de )情(🚠)况所不同(💴)的是，KOS-MOS是个纯粹的机械(🍺)制品(🚲)。另一方面(miàn )，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发(💺)计划的贝克达公司第一开发局研究(🕙)人(rén )员(🎯)卯(🚃)月(📘)紫苑，正(📼)乘着(📿)当时载(zǎi )有(yǒu )还(hái )没正式(⬇)启动(🚒)的(🌨)KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空(kōng )船(👯)进行旅途。但没想(xiǎng )(🧦)到其太空船却(🏺)被(bèi )冲(chōng )著索哈尔而(ér )来的格(🖐)诺西斯所(suǒ )(🐥)攻击，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动(🖖)，卯月紫苑因(🍙)而(📲)被卷入一连(lián )串和格诺西斯及索哈(👲)尔有关的(de )阴谋，以及会改变(biàn )人类命运的事(shì )(🆔)件当中……