自(🈯)西元20XX年，人类从(cóng )肯(📒)亚图尔卡纳(🌰)湖的湖(hú )畔挖出了一(🕰)个名叫(jiào )索(🎺)哈尔(Zohar)的物体(🗼)之后，便开始对它(👋)进行(háng )研究(❣)，后来有人重建(jiàn )出来所(🕔)谓的“神之语(🛍)言(yán )”，并(👁)建(jiàn )立电(✳)脑程式以(yǐ )(🚉)启动(dòng )原(yuán )始索哈尔，进行(háng )和(😚)上(shàng )位领(lǐng )(🙁)域的(de )U-DO(上(shàng )位(wèi )领域当(🔊)中的(⏺)红色波动存(🚣)在)连结的连结实验，但很不幸地(dì )，从上位领域流入(📙)下(xià )(🔝)位领(🐑)域的能(🤠)量造成了事象变(biàn )移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒(💠)冷”)几(jǐ )乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人类因而(ér )被迫(pò )逃亡(🏉)，离开地球。　　到了(le )(🈸)四千(🏻)年多后(hòu )(⛏)，在故(🥋)事开(🃏)始(🌪)前(💅)十五(🚶)的(de )T.C.4753年(nián )，米尔(ěr )奇亚行(😙)星(Miltia)爆发(fā )了所谓的(de )米(mǐ )尔奇亚(🚲)冲突事件，在此(cǐ )次事件当中(🔥)，米尔(ěr )(📞)奇(⏳)亚行星(xīng )的人类疑(yí )似(😳)遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在(zài )冲突事件后(🏸)消失，但事(shì )件(jiàn )的(👅)真(zhēn )相却因为米尔奇亚的(de )消失而不为人知。在(zài )事(💨)件(jiàn )后(hòu )，启动原(🕵)始(shǐ )索哈(📯)尔（后来人类制造(zào )出了十二具索哈(🍝)尔(ěr )(🐸)模(mó )拟体，因此(🔮)原有的索(🦐)哈(hā )尔(🍏)就被称(⏭)之为原始索哈尔）所需的神之语(🖥)言、原始索哈尔(🎆)的研(yán )究成(🔰)果(🍂)、(🏉)米(mǐ )尔奇亚的U.M.N.座(🏓)标(⏩)等事物(🃏)，都被封(fēng )存在Y资料当中，而(⛄)Y资料又被封存(cún )在百式观测用(yòng )合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么(me )做却引起了各方势力对(duì )M.O.M.O.的争夺(duó )，因此星团(tuán )(🐎)联邦(bāng )政府(游戏(🙎)中统治(zhì )各(gè )行星(👂)的政(zhèng )府，英文名Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )(📑)安全。　　(🧜)另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也(yě )(🏄)就是(🚇)大约在游戏(🐺)EPI开始的(de )(🚱)时候(🍶)，当时最(zuì )大的(📂)企(🚔)业贝(bèi )克达公司以对(duì )抗格诺西斯(sī )(🈴)侵扰的名(🔵)义，进行对格诺(nuò )西斯用战(zhàn )斗(👵)兵(🏐)器KOS-MOS的(de )开(🔀)发(fā )计划，但和(🀄)当时多使(🏟)用合成(chéng )人(rén )(Relian)与生化人(Cyborg)的情(🚠)况所(suǒ )不同的是，KOS-MOS是(🐻)个纯(🔪)粹(cuì )的机械制品。另一(yī )方(fāng )面，在(zài )EPI开始(shǐ )时，参与KOS-MOS开(kāi )发计划(huá )的(de )贝(bèi )克达(dá )(📃)公(gōng )司(🔛)第一开发局研(🔼)究人员(🎯)卯月紫苑，正乘着当时载有(🤱)还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途(🖱)。但(dàn )没想到(🏹)其太(tài )空(📛)船却被冲著(📈)索哈(hā )尔而来的(de )(😢)格诺西斯所(suǒ )攻击，而KOS-MOS也(yě )在(zài )此时突然(🏾)启动，卯(mǎo )月紫苑(🌭)因而被卷入一连(✝)串和(🔙)格诺西斯(sī )及索哈(👲)尔有(yǒu )关的阴谋(móu )，以及会改变人类命运(🕕)的事(🆔)件当(🕥)中……