自西元20XX年，人类从肯亚图(tú )尔卡纳湖的湖畔挖出(chū )了(le )一(yī )个名(míng )叫(jiào )索哈(🔧)尔(Zohar)的物(wù )体之(zhī )(🐮)后，便开始(shǐ )对它进行研(yán )究(jiū )，后(🏇)来(♑)有人重建出来所谓的“神之语言”，并建(jiàn )立电脑程式以启动原始索哈尔，进(jìn )行和(😚)上位领域的(🚸)U-DO(上位领(🐖)域当中(zhōng )的红色(🌙)波动存在(zài )(🔩))连(🌚)结的连结实验，但很不(bú )(🦗)幸地(dì )，从上位领域流入下位(✋)领域的能量(🤸)造成了事象(xiàng )变移(💪)，使地球(游戏中所谓的(de )“失落耶路撒冷(👺)”)几乎完(🥕)从(cóng )从宇(yǔ )宙中“消失”，人类因(yīn )而(❕)被迫逃(💔)亡，离开地球。　(🐾)　到了四(➡)千年多后，在(zài )故事开始(🌪)前(💅)十(shí )五(wǔ )的T.C.4753年(🎥)，米尔(ěr )奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发了所(suǒ )谓的米尔奇(qí )亚冲突事件，在此(cǐ )次(cì )事(🖍)件当中，米尔奇亚(yà )行星(🎐)的人类疑似遭到了(📤)格(gé )诺西斯(Gnosis)的攻击，并(🎴)在(😉)冲(chōng )(🚤)突事(🍹)件(jiàn )后消失，但事件的真(🈳)相却因为米(mǐ )(🌲)尔奇亚的消失(🖱)而不为(wéi )(😲)人知。在事件后(🙅)，启动原始索(suǒ )哈尔（后(👆)来人(🏗)类制造(zào )出了十(shí )二具索(suǒ )哈尔模拟体，因(yīn )(😼)此原(🈺)有的索(suǒ )哈(hā )尔(ěr )就(jiù )被称(⏭)之为原始索(suǒ )哈尔）所(suǒ )需(🐼)的(de )神之语言(📸)、(🌲)原(🌽)始索哈尔的研究成(chéng )果(guǒ )、(🏉)米(mǐ )尔奇亚的(🧔)U.M.N.座(zuò )标等(🤳)事物，都被封存在Y资料(➿)当中，而(ér )Y资料又被(🍆)封存在百(bǎi )式观测(🆕)用合(hé )成(chéng )(💓)人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内(nèi )，然而这(zhè )么做却引起(qǐ )(🛍)了各方势力对(duì )M.O.M.O.的争(☔)夺，因此(cǐ )(🚄)星团(tuán )联邦(🏥)政府(fǔ )(游戏(xì )中(zhōng )统治各(gè )行星的政府(fǔ )，英文名(míng )Galaxy Federation)雇(🏺)了一个(gè )名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(📑)安(ān )全(🔝)。　　另(🥖)一方面，在(☕)米(🕎)尔奇(qí )(🔷)亚(🤼)冲(chōng )突(tū )事件(jiàn )结束(shù )后(hòu )的十几年，也就是大约在游(yóu )(⏭)戏(🐺)EPI开始的时候，当时(🈶)最大的(de )企业贝克达(dá )公司以(👻)对抗格诺西斯(sī )侵(qīn )扰的(de )名(🔵)义，进行(🥤)对格诺(nuò )西(xī )斯用(😞)战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和当(🎴)时多使(shǐ )用合成(🙂)人(📌)(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹的(🔢)机(🚊)械制品。另一(🈁)方面，在EPI开(kāi )始时(🔋)，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝克达公司(sī )第(🗝)一开(kāi )(〰)发局研究(🕙)人员(yuán )卯月紫(zǐ )苑，正乘着当时载有(yǒu )还没正式启动(dòng )的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太(tài )空船进(📚)行旅途。但没想到其(🕙)太空(📛)船却被冲著(📈)索哈尔(ěr )而(👫)来(💝)的格诺西斯(sī )所攻击(jī )，而(🤛)KOS-MOS也(🎶)在此时突然启动，卯(mǎo )月(🏆)紫(zǐ )(😐)苑因(🍙)而被卷入一连串和格诺西斯及(jí )索哈尔有关的阴谋，以及会(♊)改变人类命运(yùn )的事件当(dāng )中……