自西元(yuán )20XX年，人类从肯亚图尔卡纳(🌰)湖(hú )的湖畔挖(🕸)出了一个名(🤴)叫(jiào )索哈尔(Zohar)的(de )(🔬)物体之后，便开始对它进(⏬)行研究，后(hòu )来(lái )有(yǒu )人重(chóng )(🚤)建出(⚫)来(🐿)所谓的(👑)“神之语(yǔ )言(🎡)”，并(bìng )建立(💆)电脑程(chéng )式以启动原始索哈(📞)尔，进行和上位领域的U-DO(上(shàng )位领域当中的红色(🌙)波动存(🚣)在)连结的连(🛑)结(jié )(⏯)实验，但很不幸(🌑)地，从(cóng )上(shàng )(🥎)位领域流(liú )入(rù )下位领域(yù )的(de )能(🤠)量造成了事象变(biàn )移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷(👺)”)几乎完从从宇宙(🚴)中“消失”，人类因(🈁)而被(bèi )迫逃亡，离开地(🛎)球(💍)。　　到了四(➡)千年(nián )多(duō )后，在故事开始前(qián )十五(wǔ )(🚶)的(de )T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了(le )所谓(wèi )的(🍽)米尔(ěr )奇亚冲(📐)突事件(🔙)，在此次事件(🔫)当中，米(🌸)尔奇亚行(🚽)星(xīng )的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的(de )攻击，并在冲突(🚩)事件(jiàn )后消失，但事(🧥)件(jiàn )(🔮)的真(zhēn )相(xiàng )却(què )因为(🔍)米尔奇亚的消失而不为(wéi )人(rén )知(⛅)。在事(💨)件后，启动原(yuán )始索(suǒ )哈尔（后(👆)来人类制造出(🐣)了(le )十(🎁)二具索(suǒ )哈尔模拟(🕌)体，因(😼)此(cǐ )原(yuán )有的索哈尔就被称之为(😄)原始(shǐ )(🐑)索哈尔）所(👧)需的神之语言(yán )、原始索哈尔的研(yán )究成果(🍂)、米尔(📳)奇亚的U.M.N.座(🏓)标(biāo )等事物，都(📛)被封(😛)存在Y资料(liào )当中，而(⛄)Y资料又(🎛)被封存在(🌄)百式观(😯)测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么(😳)做(🥡)却(què )引起了(le )各(gè )方势(shì )力(lì )对M.O.M.O.的争夺(📧)，因此星团联邦政府(📒)(游戏中统(tǒng )(😋)治(🎁)各(⤴)行星的(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇了(😓)一个名叫Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护(hù )(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另一方面(🗒)，在(zài )米(🕎)尔奇(qí )亚(yà )冲突事件结束后的十几年(nián )(♈)，也就是大(🎄)约在游戏EPI开(kāi )(👮)始的时候，当(dāng )时最(zuì )大的企(🚔)业贝克达公(😌)司(sī )以对抗(💁)格诺(📓)西斯(🈴)侵(🥑)扰的名义(⭕)，进(jìn )行(🥤)对格诺(nuò )西(xī )斯用战斗兵器(qì )KOS-MOS的开发计划，但和当时(shí )多使(shǐ )用(yòng )合成(chéng )人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所不同(💴)的是(shì )，KOS-MOS是个纯(chún )粹的机械制品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时，参与(🏉)KOS-MOS开发计(🛴)划的贝克(kè )(🙊)达(📃)公(🏽)司(🔛)第(dì )一开发局研究人员卯月(📘)紫苑，正乘(chéng )着(📿)当时载有还没(🧀)正式(shì )启动的(🌨)KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船进行旅途(tú )。但没想到其太空船却(què )被(bèi )冲著(📈)索(suǒ )(✨)哈尔(😙)而来的格诺西斯(sī )所攻击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时(🐉)突然启动，卯月(yuè )紫苑因(yīn )而被卷入(rù )一连串(chuàn )和格(🌳)诺西(xī )斯及索(💳)哈(hā )尔有关的(☔)阴谋，以及会改变人类(lèi )命(mìng )运(🕕)的(de )事件(jiàn )当中…(👃)…