自西元20XX年，人类(lèi )从肯亚图(tú )尔卡(kǎ )纳湖的湖畔(pàn )挖出(🛍)了(le )一(yī )个名(míng )(🤴)叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对(🌫)它进行(háng )研(yán )究，后来有人重建(🖲)出来所谓的“神之语言”，并建立(lì )电脑(nǎo )程式(shì )以启动原始(🕌)索(suǒ )哈尔，进行和(😚)上位领域的U-DO(上位领域当中的红(🚢)色波(bō )(📎)动存(cún )在)连结的(🚨)连结实(shí )(😞)验，但很不幸地(dì )，从上位(wèi )领域流入下位(✋)领域(yù )的(🙌)能量造(zào )成了(㊙)事象变(biàn )移，使(shǐ )地(⏰)球(游戏中(🤷)所谓的“失(🤲)落(🕙)耶路(lù )撒(sā )冷”)几乎完从从宇宙中“消(xiāo )失”，人(rén )类因而被迫(💹)逃亡(🏉)，离开地(dì )球(💍)。　　到了四(sì )(➡)千(🏻)年(🐛)多后，在故事开始前十(🌼)五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲(📐)突事件，在(👄)此次事件当(dāng )中(zhōng )(🔥)，米尔(📞)奇亚行星的人类疑(🕕)似遭(👗)到了(📤)格诺西(xī )(🔪)斯(🐂)(Gnosis)的攻(gōng )击，并在(zài )冲突事件后消失，但事(shì )件的(de )真(🈳)相却(què )因为米(🌲)尔(ěr )奇亚的消失而不为人知。在事件(jiàn )后(hòu )，启动(dòng )原始索(suǒ )哈尔(ěr )(🐇)（后来(lái )人(rén )类制造出了十二(èr )具(jù )索哈尔模(mó )拟体，因此原有(♟)的索哈尔就(jiù )被称之(🍗)为原始索(suǒ )哈尔(😙)）所(👧)需的(de )神之语言、原始索(suǒ )哈尔的研究成(chéng )果、米尔奇(qí )亚的U.M.N.座(zuò )标等事物(🃏)，都被(bèi )封存在Y资料当(dāng )(🤙)中，而Y资料(😕)又(🎛)被封(fēng )(💽)存在(zài )百式观测用(yòng )(😫)合成(chéng )(💓)人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意(yì )识(🚖)内(👉)，然而这(🈲)么做却引起(🛍)了各(🔦)方(fāng )势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此星团(tuán )联邦政府(游戏中统治各行(🛺)星(👂)的(de )政府，英文名(💻)Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的(de )生化人(rén )(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另(🥖)一方(fāng )面(🗒)，在米尔奇亚冲(chōng )突事(shì )件结束(🚩)后的十几年(♈)，也就(👚)是大约在游戏(🐺)EPI开始的(🚱)时候，当时最(zuì )大的(de )企(qǐ )业贝克(kè )达公(gōng )司以对抗(💁)格(🔢)诺(📓)西(xī )斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用(😞)战(🙈)斗兵器KOS-MOS的开发计划，但(🗼)和当时多使用合成人(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的(🚁)情(qíng )况所(suǒ )不(🗂)同的(de )是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一(🈁)方(fāng )面(miàn )，在EPI开(kāi )始(♑)时，参与KOS-MOS开发计(🛴)划的贝(bèi )克达公司(sī )第一开发(fā )局研究人员卯(mǎo )月(📘)紫苑(yuàn )，正乘着(📿)当(dāng )时载有还没(🧀)正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )(🍶)空(🧛)船进(📚)行旅(👥)途。但没(méi )想(xiǎng )(🧦)到其(qí )太(tài )空船(😾)却(què )被(📫)冲著(📈)索哈尔而来(💝)的(😢)格(gé )诺西斯所攻(👼)击，而KOS-MOS也在(zài )此时突然启动(🖖)，卯月紫(zǐ )苑因而被(bèi )卷入一连(✝)串(🍯)和格(🌳)诺西(🤯)斯及索(suǒ )哈(👲)尔有(yǒu )关的阴谋(📪)，以及会(huì )(♊)改变人类命(🍮)运的事件当中……