自西元20XX年(nián )，人(rén )类从肯(kěn )亚图尔卡纳湖的湖畔挖(wā )出了一(🕰)个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开始对它进行(🎲)研究，后来有人重建(jiàn )出(⚫)来(lái )所(suǒ )(🕔)谓的“神(🤷)之语言”，并(👁)建立电脑程(🥄)式以(🚉)启动原(🐖)始索哈(hā )(📞)尔，进(jìn )(🥞)行和(😚)上(shàng )位(wèi )(✖)领域的(de )U-DO(上位领(🐖)域(yù )当中的红(hóng )色波动存在)连结的连(lián )结实验，但很不幸地(dì )(🎛)，从上位领(💻)域(🗞)流(liú )入(rù )下位领域的能量造成了事象变(biàn )(🙉)移(yí )，使(🎾)地(⏰)球(游戏(🥫)中所谓的“失(🤲)落(🕙)耶路撒冷”)几(jǐ )乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人(rén )类因而被迫逃亡，离(🍑)开地球(💍)。　(🐾)　(🦇)到了四(➡)千(qiān )年多(duō )后，在故(🥋)事开始(shǐ )(🌪)前(💅)十五的(💹)T.C.4753年，米尔(🤔)奇亚(yà )行星(Miltia)爆(👵)发(♌)了所(suǒ )谓(🐞)的米(🏃)尔(🔞)奇亚(yà )冲突事件，在(zài )此次(cì )事件当中，米尔奇亚(yà )行星(🎐)的人类疑似遭到了(📤)格诺西(🔪)斯(Gnosis)的攻击，并(bìng )在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔(💕)奇亚的消失而不为人知(zhī )(⛅)。在事件后，启(qǐ )动原始(shǐ )索哈尔(ěr )(🐇)（后(hòu )来人类制(zhì )造出了十(shí )二具(jù )索哈尔模拟体，因此原有(yǒu )的索哈尔(ěr )就(jiù )被称(⏭)之为原始(🐑)索哈尔）所需的(🕤)神之语言(📸)、原始索(🏒)哈(🎇)尔的研(yán )究成(🔰)果、米尔奇亚(yà )的(de )U.M.N.座标(⏩)等事物，都被封存在Y资(🍏)料(➿)当中(zhōng )，而Y资(🤫)料(liào )又被封(fēng )存在百(bǎi )式观测(cè )用(yòng )合成(💓)人(rén )(🛒)(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意(yì )识内，然而(ér )这么做(zuò )却引起了各方势力对M.O.M.O.的(de )争夺，因(🚹)此(🚄)星团(🐎)联(😍)邦政(zhèng )府(fǔ )(📒)(游戏(xì )(🙎)中统(tǒng )治(zhì )各行星(xīng )(👂)的政府，英(🎅)文(🚰)名Galaxy Federation)雇了一(👌)个名叫Ziggurat 8的生化(🚇)人(Cyborg)，以保护(hù )(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另一(✝)方面，在米尔奇亚冲突事件(🥩)结束后(🦋)的十几年，也就是大约在游(⏭)戏EPI开始的时候(🍶)，当(dāng )时最大的企业贝克(kè )达公司(sī )(👄)以对抗格(gé )诺西(xī )斯侵扰(rǎo )的名(🔵)义(yì )(⭕)，进行(🥤)对格诺西斯用战斗兵(🏐)器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但和当时多使用合成(chéng )人(Relian)与生化人(rén )(Cyborg)的(🚁)情况所不同的是，KOS-MOS是(shì )个纯(chún )粹的(de )机械(xiè )制品(🚲)。另(lìng )(📥)一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的(de )贝克达(dá )公(gōng )司第一开发局研究人员(🎯)卯月紫苑，正乘着(📿)当时载(zǎi )有(yǒu )还没正式(⬇)启动的KOS-MOS的(de )Woglinde号太(tài )空船(chuán )进行旅途。但(dàn )没想(xiǎng )到(🏹)其太(tài )(🛵)空船却(🏺)被冲(chōng )著索哈尔(😙)而(👫)来(lái )的格诺西斯(❎)所攻击，而(ér )KOS-MOS也在此时突然(rán )启动(dòng )，卯月紫苑(🌭)因(yīn )而(📲)被卷入一连串和格(gé )诺西斯及索哈尔有关(guān )的阴(yīn )谋，以及会改(🌓)变人类命运的事件(jiàn )当中…(👃)…(🥇)