自(zì )西元20XX年(nián )(⛲)，人类从肯(📒)亚图(tú )(🐌)尔卡纳(nà )湖的湖畔挖出了一个(🤢)名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的物体之后，便(😧)开(kāi )始对(duì )它进行研究，后(hòu )(🏇)来有人(😎)重建(🖲)出(⚫)来所谓的(👑)“神之语言(yán )”，并建立电脑程(chéng )式(shì )以启动原(🐖)始(🕌)索哈尔，进行(🗑)和(hé )上位领域的U-DO(上位领域当(dāng )中的红色波动存(cún )在)连结的连结(⏯)实(shí )验(yàn )(🖲)，但很不幸(🌑)地，从上位领(lǐng )域流(🙂)入下位领域(yù )的(de )(🙌)能量造(🌞)成了(㊙)事(👓)象(🙀)变移，使地球(qiú )(游戏中所谓的“失(🤲)落耶(yē )路撒冷(lěng )”)几乎完从从宇(🧟)宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到(dào )了(🈸)四千年多后(hòu )，在故事开始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米(🈺)尔奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发了(le )所(🥅)谓(wèi )的米尔奇亚(yà )冲(📐)突(tū )事件，在此次事件当中，米尔奇亚行(🚽)星的人类(👛)疑似遭(zāo )(👗)到了(le )格诺(nuò )西(xī )斯(🐂)(Gnosis)的攻(gōng )击，并在冲(chōng )突(🚩)事件后(🏸)消(xiāo )(❄)失，但(dàn )(⏺)事件的真相却因为米尔(💕)奇亚的消失(🖱)而不为人知。在(zài )事(shì )件后，启动(dòng )原始索哈(hā )尔（后来人(🏗)类(lèi )制(zhì )造出了(le )(🌒)十二(🎆)具(jù )索哈尔模拟体，因此原有(yǒu )的索哈尔(ěr )就被称之为原始索哈尔(ěr )）所需的(de )神之(zhī )语言(yán )、(🌲)原(yuán )(🌽)始(shǐ )索哈(🎇)尔(ěr )的(de )(🌶)研(yán )究成果、米尔奇亚的(🧔)U.M.N.座标等事(shì )物，都(📛)被封存在Y资(zī )料(liào )当中(💘)，而Y资料又(yòu )被封存在百式观(guān )测用合(hé )(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内(👉)，然而这(🈲)么(me )做却(🎆)引起了各(🔦)方势力对M.O.M.O.的争(zhēng )夺，因(yīn )此星团联邦政府(游戏中(📦)统治各行星(xīng )的政府，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了一个名(🔷)叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以保护(hù )M.O.M.O.的安(😀)全(quán )。　　另一方面(🗒)，在米尔奇亚(🤼)冲突事件结束后的十(📀)几年，也就(jiù )(👚)是(shì )大约在游戏(xì )EPI开始的时候(🍶)，当(dāng )时最(📮)大的企业贝克达公(gōng )(😌)司以对抗(kàng )格诺西(xī )斯侵(qīn )扰(📏)的名(🔵)义(yì )，进(✉)行对格诺西斯(🦇)用战(🙈)斗兵器KOS-MOS的开发(🥗)计划(huá )(🔨)，但(dàn )和(hé )当(dāng )时多(duō )使(shǐ )用合(🚝)成人(Relian)与(yǔ )(📢)生(shēng )化人(Cyborg)的情况所(suǒ )不同的是，KOS-MOS是(🐻)个纯粹的机械(xiè )制品。另(📥)一方(fāng )面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开(kāi )(🐢)发(fā )计划的贝(👪)克(kè )达公(🏽)司(sī )第一开发局(jú )(👺)研究(jiū )人员(🎯)卯月紫苑，正乘(🛹)着当时(shí )(🥪)载有还没正(🚲)式启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进行旅途。但没想到其太(tài )空船却被冲著索哈尔而来的格诺(nuò )(📎)西斯所攻击，而KOS-MOS也(🎶)在此时突然(🏾)启动，卯月紫苑因而(ér )被(🚽)卷入一连(lián )串和(🔙)格诺西斯及(📈)索哈尔有关(⏺)的阴(🎿)谋，以(yǐ )(🕗)及会(huì )改变人(rén )类(lèi )命运的事(🆔)件当中……(🥇)