自(🈯)西元20XX年，人类从肯亚图尔(🍩)卡纳湖(🃏)的(🕋)湖畔挖出了一个名叫(jiào )(🍥)索哈尔(Zohar)的物(🏴)体之后，便(biàn )开始对它进行研(yán )究，后来(lái )有人重建出(⚫)来(lái )所谓的“神之(zhī )语言”，并建立电(diàn )脑程(chéng )式以(🚉)启动原始索哈尔(🎿)，进行和上(🍮)位领域的U-DO(上位(wèi )领域当中的(⏺)红色(sè )波动(dòng )存在)连结(📯)的连结实验，但很不幸地，从上位(🥔)领域流入下位领(lǐng )域的能量(🤸)造成(chéng )了(㊙)事象变移，使(shǐ )地球(游戏中(zhōng )所谓的“失(🤲)落耶路撒冷(lěng )(👺)”)几乎完(wán )从(🕐)从(cóng )(🐀)宇宙中“消失”，人类因(yīn )而被迫逃亡(🏉)，离开地球。　　到了四(sì )千年多(duō )后，在(zài )故(gù )事(shì )开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔(ěr )奇(📧)亚行(😙)星(Miltia)爆(bào )发了所谓(🐞)的(de )米(🏃)尔(🔞)奇亚冲突事件，在此次(cì )事(🖍)件当(dāng )中，米尔奇(⏳)亚行星的人类疑似遭到了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的(de )攻击(jī )，并在(😉)冲(🚤)突事(shì )件后(hòu )消(❄)失，但(⏺)事件(🔮)的(👅)真相却因为(wéi )米(🌲)尔奇亚的(de )(🐌)消失而不为人(rén )(🐅)知。在事件后，启(qǐ )动原(yuán )始索哈尔（后(👆)来人类制造(zào )出了(🌒)十二(èr )(🎆)具(jù )索哈尔模拟体，因(yīn )此原有的索哈(🏁)尔就(jiù )被称之为(😄)原始索(🖥)哈(hā )尔(ěr )）所需的(🕤)神之语(🖥)言、(🌲)原始索哈尔的研究成果(guǒ )、米尔奇亚的U.M.N.座标(biāo )等事物，都被(🏫)封(fēng )存(cún )在Y资料(➿)当(dāng )中，而(ér )(⛄)Y资(🤫)料又(yòu )被(🍆)封存(cún )在百式(🙇)观(guān )测用(yòng )合成(chéng )人(Relian)M.O.M.O.的意识内(👉)，然而这么做却引起(🛍)了(🐔)各方(🔘)势(🚬)力对(📻)M.O.M.O.的争夺，因此星团联(lián )邦政府(游戏中统(😋)治(🎁)各(gè )行星的(de )政府，英文名Galaxy Federation)雇了(le )(😓)一(yī )个名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以(🕳)保护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另一(yī )方面，在米尔奇亚冲突事件结(jié )束后的十(📀)几(jǐ )年(nián )，也(yě )就是大约(yuē )在(zài )游戏EPI开始的(de )时候，当(🚮)时最大的企(🚔)业贝克达公司以对抗格诺(nuò )西斯侵扰的名(míng )义，进行(🥤)对格(gé )(📐)诺西(🔹)斯(🦇)用战斗兵(bīng )(🏐)器(qì )KOS-MOS的(de )开发(🥗)计(🔹)划，但和当时多使用合成(🙂)人(Relian)与(yǔ )生化人(Cyborg)的情况所(suǒ )不同的是(shì )，KOS-MOS是(shì )个(🈷)纯(chún )粹的(🔢)机械(🍺)制品。另一(yī )方面，在(📼)EPI开始时(shí )，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的(de )贝克(kè )达公司第一(yī )(😿)开发局研究(🕙)人员卯月紫(🕤)苑，正(📼)乘(🛹)着当时载有(🤱)还没(🧀)正式(⬇)启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太空船进(📚)行(💍)旅途。但没想到(dào )其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺(📎)西(xī )斯(❎)所攻击(🦖)，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯月紫苑(🌭)因而被(bèi )卷(💝)入一(yī )连串(chuàn )和(hé )格诺西(xī )斯及索哈尔有关的阴(yīn )谋，以及会(huì )改变人(rén )类(lèi )命运的事(🆔)件(jiàn )(🔣)当中……