自西元20XX年(⛲)，人类从肯亚图(tú )尔卡纳湖的湖畔挖(wā )出了(le )一个(gè )(🤢)名叫索哈(🔧)尔(Zohar)的物体(🗼)之(zhī )后，便开始对它进(jìn )行研究，后(hòu )来有人重建(🖲)出来所谓的“神之语(🛍)言”，并建立电(✳)脑(nǎo )程式以(yǐ )启动原(🐖)始(shǐ )索(🛺)哈(hā )尔(ěr )，进(jìn )行和上位领域的U-DO(上位领域(yù )当中的(de )红色波动存(cún )在)连结的连结(jié )实验，但很(💱)不(🦗)幸地(🎛)，从上位(🥔)领域(yù )流入(rù )下位领域的(🙌)能量造成了事(shì )象(xiàng )变移，使地(dì )(⏰)球(qiú )(游戏中所谓的“失(🤲)落(🕙)耶路(😍)撒冷”)几乎完从(cóng )从宇(yǔ )宙中(🧣)“消失(🕯)”，人(rén )类(🤘)因(yīn )而被迫逃亡，离开地(dì )球(qiú )。　　到了(le )四千(🏻)年多(duō )后，在故事开始前(💅)十(🌼)五的T.C.4753年，米尔(ěr )(🤔)奇亚(🔍)行星(Miltia)爆发了所(suǒ )(🥅)谓的米(🏃)尔奇亚冲(📐)突事件，在(zài )此(🐖)次事(shì )件当中，米(🌸)尔奇(qí )亚(yà )行(háng )星(xīng )的人(rén )(🔲)类疑似遭(zāo )到了(📤)格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(✖)击，并(bìng )在(😉)冲突事件后消(❄)失，但事件的(de )真相却因为米(mǐ )尔奇亚(yà )的(🐌)消(🐱)失而(💛)不(bú )为人(rén )知。在事(💨)件(jiàn )(🈸)后，启动原始索(suǒ )哈尔（后来人类制造出了十二具(jù )索哈尔模拟体，因(yīn )(😼)此原有的(🔝)索(🦐)哈尔就被称(⏭)之为(😄)原始(🐑)索哈(hā )尔）所需的神(⛱)之语(🖥)言、原始(shǐ )索哈尔(🎆)的(🌶)研究成(🔰)果、米尔奇(🍐)亚的U.M.N.座标等(děng )(🤳)事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然而这么做却(🎆)引起了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的(de )争(☔)夺，因此星团联邦政(zhèng )府(fǔ )(游戏中统治各行星的(de )(💼)政府，英(🎅)文名Galaxy Federation)雇了一(👌)个(✒)名叫(🏰)Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(🕳)保(bǎo )护M.O.M.O.的安全。　　另一方(🐩)面，在米(🕎)尔奇(🔷)亚(🤼)冲突事件结束(shù )后的十几(🐑)年，也就是大(dà )约(🤥)在游(yóu )戏EPI开始(shǐ )的时候，当(🚮)时最大的企(🚔)业贝克达(🈳)公司以对抗格诺西(🧢)斯侵(🥑)扰(rǎo )(📏)的名义，进行对(duì )格诺西(xī )斯用(yòng )战斗兵(🏐)器KOS-MOS的(🧤)开发计划，但(dàn )和当时(shí )多使用合成人(rén )(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是(shì )个(🈷)纯粹(cuì )的机械制品。另一方(😣)面，在EPI开始(♑)时(shí )，参与KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达(📃)公司(🔛)第一开发局(👺)研究人(rén )员卯月紫(zǐ )苑，正乘(chéng )着当时(🥪)载有(yǒu )还(hái )(🈶)没(méi )正式(shì )启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进行(háng )旅途。但没(méi )想到其太空船却被冲(📔)著索哈尔(😙)而(👫)来(lái )的(de )格诺西斯(sī )所(suǒ )攻击，而(🤛)KOS-MOS也在此时(🐉)突然启动(🖖)，卯月(🏆)紫(zǐ )苑(🌭)因而被(bèi )卷入(rù )一连(lián )串和(🔙)格诺(nuò )西(xī )斯(sī )及索哈尔有(⛲)关的阴谋，以(yǐ )及(jí )会改变(🌂)人(✖)类(lèi )命运的事件当中……