自(🈯)西元(yuán )20XX年，人类(🥇)从肯亚图尔卡纳湖(hú )的湖畔挖(wā )出(🛍)了一个名(🤴)叫(🍥)索哈尔(Zohar)的物体之(zhī )后(🥩)，便开始对它进行(🎲)研究，后来有人重建出来(🐿)所谓(wèi )的(de )(👑)“神之语(yǔ )言(yán )”，并建立电(diàn )脑程(🥄)式以(yǐ )启动(dòng )原始索哈(📞)尔(🎿)，进(jìn )行(háng )和(hé )上位领(🙁)域的(🚸)U-DO(上(shàng )位(😱)领域(yù )当中的红色(sè )波动存在)连结的连结实验，但很(hěn )不幸地，从上位领域流(liú )入(rù )下(xià )位(wèi )领(🐑)域(yù )的能量造成了事象变(biàn )移，使(🎾)地球(游戏中所谓(wèi )的“失落(🕙)耶路(lù )撒冷”)几乎(🎋)完从从(🐀)宇宙(🚴)中(🧣)“消失”，人(rén )类因而(❕)被迫逃亡，离开地球。　　到(😊)了(le )(🈸)四千年多后，在故事开始前十五(wǔ )的T.C.4753年，米尔(ěr )奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔(🔞)奇亚(🚲)冲突事件，在(zài )此(🐖)次事件当(💣)中(zhōng )，米(🌸)尔(ěr )奇(qí )亚行星的(de )人类疑似(sì )遭到(🎦)了(📤)格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(gōng )击(🕺)，并(🎴)在冲突事(shì )件后消(❄)失，但事(shì )件的真相(xiàng )却(🔬)因为米尔奇亚的消失而不为(😲)人知。在事件后，启动原始索哈尔(🐇)（后(👆)来人类制造出了十二(🎆)具索哈尔(🐸)模(🍈)拟体，因此原有(yǒu )的索哈(hā )尔就被称之为原(yuán )始索哈尔）所需的神之(🥈)语言、(🌲)原始索哈尔的研究成(🔰)果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事(🔡)物，都被封存在(zài )(🥈)Y资料(liào )当(dāng )中，而Y资料又被(🍆)封(💽)存在(🌄)百式观测用合成(chéng )人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内，然而这(zhè )么(😳)做却引(🖨)起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因(yīn )此星团联邦(🏥)政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(🕳)保护(🧗)M.O.M.O.的安(ān )全。　(😇)　另一(✝)方(fāng )面(miàn )，在(zài )米(mǐ )尔奇(🔷)亚(yà )冲突(tū )事件结束后的十几(jǐ )年，也(yě )就是(shì )大(🎄)约在游(⏭)戏EPI开始的时(shí )候，当(dāng )时最(zuì )大的企业(yè )贝(bèi )(🔅)克(🛀)达(dá )公司(sī )以(👻)对抗(kàng )格诺西斯(🈴)侵扰的名义，进(jìn )行(háng )对格(gé )诺西(xī )斯用战斗(👵)兵器(qì )KOS-MOS的开发(🥗)计划，但和当时多(duō )(🤜)使用合成人(Relian)与生(🐂)化(huà )人(Cyborg)的(🚁)情况(🗣)所(suǒ )不(🗂)同的是(shì )，KOS-MOS是个(🈷)纯(🔪)粹的机(🚊)械制品。另(lìng )一方(😣)面(miàn )，在(zài )EPI开始(♑)时，参(🥐)与KOS-MOS开发计(🛴)划的贝克(kè )达公司第(🗝)一开发局(👺)研(🔼)究人员卯月(yuè )紫苑(yuàn )(😫)，正(zhèng )乘着当时载(🐕)有(🤱)还没正式(shì )启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空(kōng )船进行旅途。但没想到其(🕙)太(🛵)空船却被冲(chōng )著索哈尔而来的(😢)格诺西斯(sī )所攻击(🦖)，而KOS-MOS也(🎶)在此时突然启(✏)动(dòng )，卯月紫苑因(yīn )而被(🚽)卷(💝)入一连(lián )串和格诺西斯(sī )及索(💳)哈尔有关的(de )阴(yīn )谋(📪)，以及会改变人类命运(🕕)的事件当中……