自西元20XX年(nián )，人(rén )类从(📼)肯亚(🏽)图尔(🍩)卡纳湖(🃏)的湖畔挖出了一个名叫(🍥)索哈(hā )尔(Zohar)的物体之后，便开始对(duì )它(tā )进行研(🎏)究(❣)，后来(♑)有人(rén )重建出来(lái )所谓的“神之语言”，并建(jiàn )(🙍)立(💆)电脑程(chéng )式以启动原始(shǐ )索哈尔(ěr )，进行(háng )和上(shàng )位领域的U-DO(上位领域当中的红(🚢)色波(📎)动存(🚣)在)连结的连结实(😞)验，但很(💱)不幸(xìng )地(dì )，从上位领域流入下(🔝)位领(lǐng )域的能量(🤸)造成了事象变移(💪)，使地球(🈴)(游戏中所谓(🧤)的“失落(luò )耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消(⚾)失(🕯)”，人(rén )类因而被(💝)迫逃亡(wáng )，离(lí )(🍑)开地球。　　到了四(sì )千(🏻)年多后，在故(gù )事开(🃏)始前(qián )十(🌼)五的(de )T.C.4753年(nián )，米(🈺)尔奇亚行(háng )星(xīng )(🤥)(Miltia)爆发(♌)了所(suǒ )谓(🐞)的米尔奇亚冲突事件，在此次(🆙)事(shì )件当(dāng )中(zhōng )，米尔奇亚(yà )行星(xīng )的人类(lèi )(👛)疑(🕕)似遭到了格诺西(🔪)斯(🐂)(Gnosis)的攻(gōng )击，并(bìng )在冲突事(shì )(🍹)件后消(❄)失(💁)，但事件的真相却因为米尔(ěr )奇亚的消失而(💛)不为(wéi )人(🐅)知。在事(shì )件后，启动(🍾)原始索哈尔(ěr )（后来人类制造(zào )出(🐣)了(le )十二(🎆)具索(🏖)哈尔模拟(nǐ )体，因此(cǐ )原有的索(🦐)哈尔(ěr )就(😻)被称之为(wéi )原始(shǐ )索(suǒ )(🖥)哈(hā )(😂)尔(😙)）所需的神之语言、原始索(suǒ )哈尔的研究(🔂)成果(guǒ )、米尔奇亚的U.M.N.座标(biāo )等(🤳)事物，都被封存在(🥈)Y资料(liào )当(dāng )(🤙)中(zhōng )，而Y资料(😕)又(yòu )被(bèi )封存在百式(🙇)观测用合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引(yǐn )起了各方势力(lì )对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政(zhèng )府(fǔ )(游戏(xì )中统治(🎁)各(⤴)行星的政府，英(yīng )文名(💻)Galaxy Federation)雇了(le )一(👌)个(gè )名叫(🏰)Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安(😀)全。　(😇)　另一方(🐩)面(🗒)，在(☕)米(mǐ )尔奇(🔷)亚冲突事件结束后的十几(jǐ )(🐑)年，也(🏄)就是大约(🤥)在游戏(🐺)EPI开始的时(shí )候(hòu )(🍶)，当(dāng )(🚮)时最大(📊)的企(qǐ )业贝克达公司以(👻)对(duì )抗格诺西(🧢)斯侵扰的名义(yì )，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合(hé )成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不(🗂)同的是(✡)，KOS-MOS是(🐻)个(🈷)纯粹的(🔢)机(jī )械制品(🚲)。另一方(fāng )面，在EPI开始时，参与(yǔ )KOS-MOS开发(💺)计划的贝克(kè )达公(gōng )司第一开发局研(yán )(🔼)究人员卯月(yuè )紫苑(yuàn )，正乘着当时载有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途(tú )。但没想(xiǎng )到其(🕙)太(tài )空船(😾)却(què )被冲著(zhe )(📈)索(✨)哈尔而(👫)来的格诺(nuò )西斯所攻(👼)击，而KOS-MOS也在此时(🐉)突然启动，卯月(yuè )(🏆)紫苑因而(ér )被卷入一连串和格诺(nuò )西斯及(jí )索哈(👲)尔(🔐)有关的阴谋，以(🕗)及会(huì )改变人类命(🍮)运的事件当中……