自西元20XX年(nián )，人类从肯亚图尔卡纳(nà )湖的(🕋)湖畔挖出了一个名叫索(🎺)哈尔(ěr )(Zohar)的(🔬)物(🏴)体之(🐮)后，便(😧)开(🎾)始对(duì )它(👋)进(jìn )行研(yán )究，后来有人重建出来所(suǒ )谓(🔸)的“神之语言”，并建立电脑(🔲)程式(shì )(🛹)以启(qǐ )动原(🐖)始索哈尔，进行和(😚)上位领域的U-DO(上位领域当(🔊)中的红色波动存在)连结的(de )连结(jié )实验，但很不(🦗)幸地，从(cóng )上位领(💻)域流入下位(✋)领域的能量造成了事象变移(yí )，使地(dì )球(qiú )(游戏中(zhōng )(🤷)所谓的“失落耶(⛳)路撒(sā )(💠)冷”)几(🤳)乎完从从宇(🧟)宙中“消失”，人类因而被迫逃(💔)亡(🏉)，离(🍑)开地球(qiú )。　　到了(le )四千年(nián )(🐛)多后，在故(gù )事开(🃏)始前十(shí )(🌼)五的T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(🤥)(Miltia)爆发了所谓的(🍽)米尔奇亚冲突(🔎)事件，在(👄)此(🐖)次(cì )事件当(dāng )中，米尔(📞)奇亚行星的人(rén )类疑(yí )似(sì )遭(zāo )(👗)到了(le )(📤)格诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事(shì )件后消失，但事件的真相却因(🍯)为米尔奇亚(yà )(🚪)的消(xiāo )(🐱)失而(ér )不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二(🎆)具索哈尔模拟体，因此原(yuán )有的索(suǒ )(🦐)哈(hā )尔(🍏)就被称(⏭)之为(😄)原始索哈尔）所需的(🕤)神(shén )之(zhī )(🥈)语言、原始索哈尔的研究成(🔰)果(guǒ )(🍂)、米(mǐ )尔(📳)奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存(cún )在(🥈)Y资料当中，而Y资料又(yòu )被(🍆)封存在百式观测(🆕)用合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识(shí )(🚖)内，然而(🚞)这(🈲)么做却(què )引起(qǐ )了(le )各方(fāng )势力对(📻)M.O.M.O.的(💙)争(zhēng )夺，因(🚹)此(cǐ )星(xīng )(🤩)团(tuán )联邦政府(游戏中统(😋)治各行(🛺)星的政府(🌻)，英文名Galaxy Federation)雇了一个名(míng )(🔷)叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(📑)安全。　　另一方面，在米尔奇(qí )亚(yà )(🤼)冲(chōng )突事件结束后的十几(jǐ )年(♈)，也就(👚)是大约在游戏EPI开(kāi )始的(de )时候(🍶)，当时最大(📊)的(📂)企业贝克达公司(sī )(👄)以对(duì )抗格诺西(🧢)斯(sī )侵(qīn )扰的名义(⭕)，进行对格(gé )诺西(🔹)斯用战(zhàn )斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时(shí )(🕰)多(duō )使用合成(chéng )人(Relian)与生化(huà )人(📰)(Cyborg)的(de )情况所不同(tóng )的是，KOS-MOS是(shì )个纯粹(🧜)的机械制品(pǐn )。另一(yī )(🈁)方面(miàn )，在EPI开始时，参(🥐)与KOS-MOS开发计划的贝克达公司(🔛)第一开(kāi )发局研究人员卯(🚃)月紫(🕤)苑(yuàn )，正乘着当时载有还没正式启动的(🌨)KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空(🧛)船进行旅途。但没(méi )想(xiǎng )到其太空(kōng )(📛)船却被冲著(zhe )索哈(hā )(😄)尔而(👫)来的格诺(📎)西斯所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突然启(qǐ )(✏)动，卯月紫苑因(yīn )而被卷入(🤕)一(♌)连串和格诺(nuò )西斯及索哈尔(ěr )有(⛲)关的(de )阴谋(móu )(📪)，以及(jí )会(huì )改变人类(lèi )命运的(🕝)事件当中……