自西元(🍅)20XX年(nián )，人类(lèi )从肯亚图尔(ěr )卡纳(🌰)湖的湖(😘)畔挖(🕸)出了(le )一个(gè )名叫索哈(🔧)尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开始对(duì )它进(jìn )行(🎲)研究，后来(♑)有人(😎)重建出来(🐿)所谓的“神之语言”，并建立(💆)电脑程(🥄)式(shì )以启动原始索(🛺)哈尔，进行和上位领域的U-DO(上(shàng )位(😱)领(lǐng )域当中的(de )红色波(bō )动存在)连结的(de )连结实验(🖲)，但很(hěn )不幸(xìng )地，从上位领域(🗞)流入下位领域的(🙌)能量造成(chéng )(🙄)了事(shì )象(🙀)变移，使(shǐ )地球(🈴)(游(⛏)戏中(zhōng )所谓的“失落耶路撒冷”)几乎(hū )完从(cóng )从(🐀)宇宙(🚴)中(zhōng )“消失”，人类因而被迫(pò )逃亡，离开地(🛎)球(qiú )。　　到了四(➡)千(qiān )年多后(hòu )，在故事开(🃏)始前十五(wǔ )的T.C.4753年，米(mǐ )(🈺)尔(🤔)奇(qí )亚行星(Miltia)爆发(♌)了所谓的米(🏃)尔奇亚冲突事(shì )件(🔙)，在此次事(🖍)件当(dāng )中，米尔奇亚行(háng )星(🎐)的人类(lèi )(👛)疑似遭(zāo )到了格诺(🍺)西斯(Gnosis)的(de )攻(gōng )击，并在冲(chōng )突事件后消失，但(dàn )(⏺)事(🧥)件的真(zhēn )相却因为米尔奇亚(🚪)的(🐌)消(🐱)失而不(👼)为人知。在事(shì )件后(🙅)，启动(dòng )(🍾)原始索(suǒ )哈(📯)尔（后来人类(lèi )(🍉)制造出了十二(🎆)具索(suǒ )哈尔模拟体，因此原有的索哈(🏁)尔就被称(⏭)之(zhī )为(😄)原始索哈尔）所(👧)需的神之语言、原始索哈尔的研究(🔂)成果、米尔(📳)奇亚(🚔)的U.M.N.座(zuò )标(⏩)等事(shì )物(🃏)，都被(bèi )封(fēng )存在Y资料当中(💘)，而Y资料又被(bèi )封存(cún )(💍)在百式(shì )观(guān )测用(yòng )合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识(shí )内，然而这么(me )(😳)做(zuò )(🥡)却引起了(le )各方势力(lì )对M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此星(xīng )团联邦政府(游戏中统(tǒng )(😋)治各行星(👂)的(💼)政府(🌻)，英文(wén )(🚰)名(💻)Galaxy Federation)雇了一(yī )(👌)个名(🔷)叫Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(fāng )面(miàn )，在米尔(👑)奇(qí )亚冲(💦)突(📜)事件结束(🚩)后的(de )(😄)十几年，也就(👚)是大约在游戏EPI开始(💽)的时候(hòu )，当(🚮)时最大的企业(🏜)贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的(🤥)名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开(kāi )发计划，但(🗼)和当时多使用合成(chéng )人(rén )(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的情(🚠)况所不(bú )(🗂)同的是，KOS-MOS是个纯粹的机(🚊)械制(🔰)品。另一方(😣)面，在(📼)EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(jì )划的(🧔)贝(bèi )克(🙊)达公司第(🗝)一开发(🙃)局研究(jiū )人员卯月紫苑(yuàn )，正乘着(zhe )当时(shí )载有还没正式启动的(🌨)KOS-MOS的Woglinde号太(tài )空船(👯)进(jìn )行旅途。但没想到其(🕙)太空船(chuán )却被冲著索(suǒ )哈尔(ěr )而来(lái )的(de )格(gé )诺西斯所攻(gōng )击，而(ér )KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯月(🏆)紫(zǐ )苑因而(📲)被卷入一连串(🍯)和(hé )格(🌳)诺西斯及索哈(hā )(👲)尔有(yǒu )关的阴谋，以及会(huì )改变人类命运的(🕝)事件当中……