自(zì )西(🕕)元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖(🃏)的(de )湖畔挖出了一个名叫索哈尔(🎗)(Zohar)的物体之后，便开始对它进(jìn )行研(🎏)究，后(hòu )来(♑)有人重(chóng )建出来所(suǒ )谓的(👑)“神之语言(yán )”，并(👁)建立电(✳)脑程式以启(qǐ )(🏐)动原始索(🛺)哈尔，进行和(hé )上(shàng )位领(lǐng )(🙁)域的U-DO(上位领(lǐng )域(yù )当(🔊)中的红(hóng )(🚢)色(sè )波动存(cún )在)连(lián )结的(🚨)连(🛑)结实验，但很(hěn )不(bú )幸(xìng )地，从上位(wèi )(🥔)领域流(liú )入(rù )(📙)下位领域(yù )的能量造成了事象(xiàng )变移，使地(dì )球(游戏中(zhōng )所谓的(🔔)“失落耶路(😍)撒(💠)冷(👺)”)几乎完从从宇(🧟)宙中(🧣)“消失”，人(rén )类因而被迫逃亡，离开(👊)地球(💍)。　　到(dào )了四千年多后，在(👪)故事开始前(qián )十五(🚶)的T.C.4753年，米尔(🤔)奇亚行星(Miltia)爆发(♌)了(💸)所(suǒ )谓的米(🏃)尔(🔞)奇亚冲突(🔎)事件，在此(cǐ )次事(shì )(🖍)件当中(zhōng )，米尔奇亚(yà )行(🚽)星的人(rén )类疑似遭到(dào )了格(gé )诺西(xī )斯(Gnosis)的攻(✖)击，并(🎴)在冲突(tū )事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失(🖱)而不为(wéi )人知(⛅)。在事件后，启动(dòng )原始索哈(hā )尔(🐇)（后来人类制(zhì )造(zào )出了十(🎁)二具(⛎)索哈尔模拟体，因此原有的索(suǒ )哈尔就被(♈)称之为(😄)原(yuán )始索(suǒ )哈尔(😙)）所(👧)需(xū )(🐼)的神(shén )之语言、原(yuán )始索哈(🎇)尔的研究成(🔰)果、米(🌸)尔奇亚(🚔)的U.M.N.座标等事(🔡)物，都(📛)被封存在(zài )Y资料当中，而Y资(🤫)料(liào )又被封(fēng )(💽)存在(🌄)百式观测(🆕)用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然而这么(me )做却引起了各方(fāng )势力(🐊)对M.O.M.O.的争(zhēng )夺，因此星团联邦政(🤯)府(游(yóu )戏中统治各(gè )行星的政府，英文(wén )名(míng )Galaxy Federation)雇(🏺)了一个名(míng )叫Ziggurat 8的(de )生化(huà )人(Cyborg)，以保(bǎo )护(hù )M.O.M.O.的(de )安(😀)全。　　(🧜)另一(yī )方面，在(☕)米尔奇(🔷)亚冲突(📜)事件结(jié )束后的(de )十几年，也(yě )就是大约在游戏(xì )EPI开始的时(🥐)候，当时最大的(de )(📂)企业贝克达公(gōng )司以(👻)对抗格(gé )诺(nuò )(📓)西斯侵(qīn )扰的名义，进行(háng )对(🎑)格(📐)诺(nuò )西(xī )斯用(yòng )战(zhàn )斗兵(🏐)器KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和当时多使(shǐ )用合(🚝)成人(Relian)与生(🐂)化(😾)人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机(jī )(🚊)械(xiè )制品。另(📥)一方(😣)面，在EPI开(kāi )始(shǐ )(♑)时，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的贝克(kè )(🙊)达公司第一开(kāi )发局研究(🕙)人员卯(mǎo )月紫苑，正乘(🛹)着当时载(🐕)有还没正(zhèng )式启动(🚒)的KOS-MOS的(de )Woglinde号太(🍶)空(kōng )船进(📚)行旅途(🖱)。但没想(xiǎng )到(dào )其太空船却被冲著索哈尔而(ér )(👫)来的格诺西(xī )斯所攻击，而KOS-MOS也在(zài )此时突然(rán )启动，卯月(yuè )(🏆)紫苑因而被卷入(🤕)一连(✝)串和格(🌳)诺(㊙)西斯及(📈)索(suǒ )哈尔有关的阴谋，以(yǐ )及会(♊)改变人类命运的(de )事(shì )件当(🕥)中……