自西元20XX年(nián )，人类从肯亚图尔(🍩)卡纳湖(🃏)的(de )湖畔(pàn )(🕟)挖出(chū )了一个名叫索(suǒ )(🎺)哈(🔧)尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来(lái )有(📼)人重建(jiàn )出来所谓的“神(🤷)之语言(yán )”，并(bìng )建立电脑程式以启动(🚥)原始(🕌)索(🛺)哈尔，进行和(hé )(😚)上位领域的(🚸)U-DO(上位领(lǐng )域当中(zhōng )(💞)的(de )红(🚢)色波动(dòng )存在)连(🌚)结的(de )连(🛑)结实验，但很(hěn )不(🦗)幸地，从(cóng )上位领域流(liú )入(📙)下位领域的能量造成(🙄)了(le )事(shì )象变(🙉)移，使地球(🈴)(游戏中所谓的(de )“失落(luò )耶(⛳)路撒冷(lěng )”)几乎完从(cóng )从宇宙(🚴)中(🧣)“消(⚾)失”，人(rén )类因(🈁)而被(bèi )迫逃亡，离(🍑)开地(🛎)球(qiú )。　　到了(🈸)四(➡)千年多后，在(zài )故事(shì )(🤷)开始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米尔奇(📧)亚行星(Miltia)爆发了所(suǒ )(🥅)谓的米(mǐ )(🏃)尔奇亚冲突(tū )事件，在此次事件当中，米尔奇亚(yà )行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的(de )攻击，并在冲突事件后消失，但事件(🔮)的真相(xiàng )(🐈)却因为米尔奇(qí )亚的消失而不为人知。在(✒)事件后(🙅)，启动原(yuán )始索(suǒ )(🚓)哈尔（后(👆)来(lái )(🔍)人类制造出了十二具索(suǒ )哈(🍝)尔模(mó )拟体(tǐ )，因此原有的索哈尔就被称之为(wéi )原(yuán )始索哈尔）所需的神(⛱)之(zhī )语言(📸)、原始索哈(🎇)尔的研究成果、米尔(📳)奇亚的(de )U.M.N.座标等事物，都被(bèi )封(fēng )(😛)存在Y资料(liào )当中，而Y资料又(yòu )被(🍆)封存(💍)在百式观测(🆕)用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内(👉)，然(rán )而这(🈲)么做却(què )引起了各(gè )方势(shì )力对(duì )M.O.M.O.的争(zhēng )夺(📧)，因此星团(🐎)联邦政府(fǔ )(游(yóu )戏中统(😋)治各(⤴)行星的政府(🌻)，英文(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个名叫(🏰)Ziggurat 8的生(shēng )化人(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在(☕)米尔奇亚冲突(tū )(📜)事(🍀)件结束(🚩)后的十(📀)几年(nián )，也就是大约(yuē )在(zài )(📘)游戏(xì )EPI开(kāi )始(💽)的时候(🍶)，当时最(zuì )大的企(qǐ )业贝(🔅)克达(dá )公(😌)司以对抗(💁)格诺西(xī )斯侵扰(rǎo )(📏)的(de )名义(yì )，进行对格诺西(xī )(🔹)斯用(😞)战斗兵器KOS-MOS的开发(fā )(🥗)计划，但(dàn )和当时(🕰)多使用(yòng )合成人(📌)(Relian)与生(🐂)化人(Cyborg)的情况(🗣)所不(bú )同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品(🚲)。另一方(fāng )面，在(📼)EPI开始时(🔋)，参与KOS-MOS开(kāi )发计划(huá )的贝克达公司第一开(kāi )(〰)发局(👺)研究人(😯)员卯月(📘)紫苑，正乘着当时载有(yǒu )还没正式(⬇)启动的KOS-MOS的(de )Woglinde号太(🍶)空(kōng )(🧛)船(👯)进(jìn )行旅途。但没想到其太空船(chuán )(😾)却被(bèi )(📫)冲(chōng )著索哈尔而来的格(🖐)诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时(shí )突然启动，卯月(🏆)紫苑(🌭)因而被卷入(rù )一连(✝)串和(hé )格诺(㊙)西斯及索哈(hā )尔有(⛲)关的阴谋(móu )，以及会改变人(✖)类命运的(de )(🕝)事件当中……